Действие сюжета манги начинается с того, что преподаватель Академии ниндзя Мидзуки обманным путём заставляет Наруто похитить секретный свиток с описанием множества дзюцу, а мальчику всего за ночь удаётся изучить сложную для его возраста технику теневого клонирования, хотя ещё утром того дня не мог создать и обычного клона, что считалось практически элементарной задачей. С помощью другого учителя, Ируки Умино, который относился к Наруто как к младшему брату, Мидзуки удалось схватить, а свиток вернуть на место. 

С трудом сдавший выпускные экзамены Академии Наруто попадает в команду № 7 вместе с кумиром девушек Саскэ Утихой и Сакурой Харуно. Во главе команды встаёт легендарный «Копирующий ниндзя» Какаси Хатакэ. В качестве проверки их способностей, Какаси поставил перед троицей цель во что бы то ни стало завладеть колокольчиками, которые он держит в руках, однако это никому не удаётся. В первой же серьёзной миссии — защите мостостроителя Тадзуны, им пришлось столкнуться с опасными противниками — Дзабудзой Момоти и Хаку, ситуацию осложняло и то, что в Наруто впервые за долгие годы пробудился Девятихвостый — из-за сильных переживаний и эмоций в последующие битвы это стало происходить всё чаще. Тем не менее команде удалось победить и Дзабудзу, и Хаку. 

Вскоре в Конохе был организован открытый экзамен на получение звания тюнина — на соревнование съехались участники и зрители многих стран. После того, как во время первого письменного испытания Наруто чуть не провалился, команде № 7 предстояла ещё более сложная задача — испытание на выживание в полном чудищ лесу. В Конохе объявился международный преступник Оротимару и напал на команду № 7, оставив на шее у Саскэ проклятую печать. Несмотря на это команде, не без помощи вошедшего в их доверие Кабуто, удалось заполучить два недостающих для прохода в следующий тур свитка и успешно окончить испытание. Вопреки ожиданиям организаторов, в третью часть экзамена прошло много участников, в связи с чем для сокращения участвующих вдвое было устроено дополнительное испытание — бой с соперником один на один. Наруто удалось одолеть Кибу и его собаку Акамару; Саскэ победил Ёрои Акадо, а Сакуре вместе с Ино была присуждена ничья, посему, в соответствии с правилами, ни одна из них не прошла дальше. Следующее испытание было назначено лишь через месяц, в связи с чем каждый участник стал усиленно тренироваться под руководством более опытного ниндзя — хотя первоначально планировалось, что Наруто займётся Эбису, однако обучать его согласился один из легендарных Саннинов — Дзирайя. Третье испытание заключалось в бое один на один с противником по круговой системе: в числе других результатов Наруто одолел Нэдзи. Затем произошло то, чего никто не ожидал — ниндзя Селений Песка и Звука, подстрекаемые Оротимару, начали атаку на Коноху, а сам Змеиный Саннин напал на Третьего Хокагэ и затем убил его. Наруто вместе с призванным им королём жаб Гамабунтой пришлось сражаться с Гаарой, и овладевшим его телом Однохвостым Сюкаку, заключённым когда-то в мальчике. Однако всё закончилось благополучно — Гаара подавил волю монстра, и с Наруто, в теле которого также жил бидзю, они стали хорошими друзьями. 

Старейшинами Конохи было предложено Дзирайе возглавить деревню в качестве Хокагэ, однако он отказался, утверждая, что есть более подходящая кандидатура — третья из Саннинов, Цунадэ. Наруто отправился вместе с ним на её поиски, и ему вновь пришлось столкнуться с Оротимару — тот разыскивал Цунадэ, желая чтобы она излечила его руки, сильно пострадавшие при битве С Третьим Хокагэ. Однако в битве трёх Саннинов Оротимару проиграл, и ему пришлось отступить. Цунадэ же согласилась возглавить Коноху. Вскоре после этого Саскэ, желавший обрести новую силу, чтобы убить Итати, покидает деревню и отправляется на обучение к Оротимару. Наруто же, в свою очередь, получает от Дзирайи предложение стать его учеником, и Удзумаки соглашается. Вдвоём они отправляются в долгое путешествие, главной целью которого становится обучение Наруто. 

[править] Вторая часть 

Наруто Удзумаки в 15 лет 

Действие второй части манги происходит спустя 2 с половиной года после событий. Вернувшийся и повзрослевший Наруто стал более сильным и умным, но при этом в отличие от сверстников так и остался в звании гэнина. Какаси как несколько лет назад устроил Наруто и Сакуре испытание с колокольчиком, и те победили хитростью: Удзумаки стал вслух рассказывать содержание нового романа Дзирайи, и ещё не знакомый с сюжетом Хатакэ, поклонник писательского таланта Дзирайи, просто закрыл глаза (дабы сяринган не прочёл по губам) и уши руками. 

Вскоре после этого юноша был втянут в крупную миссию по спасению похищенного группировкой Акацуки Гаары: в то время как Сасори был уничтожен Сакурой и Тиё, Наруто вместе с Какаси преследовал Дэйдару, которому всё-таки удалось сбежать, сымитировав свою смерть. Ослабленный использованием в погоне сярингана Какаси лёг с больницу, и Цунадэ сформировала новую четвёрку — помимо Наруто и Сакуры в неё вошли пролоббированный Дандзо член тайной организации «Корень АНБУ» Сай и подконтрольный Хокагэ член АНБУ Ямато, в итоге и назначенный капитаном. 

В таком составе они отправились к мосту, где, по признанию умиравшего Сасори, он должен был встретиться со своим шпионом, некогда подосланным к Оротимару. Им оказался Кабуто, который на самом деле давно предал Сасори. В операции всё пошло не так, как планировалось: Сай втёрся в доверие появившегося Оротимару, передав ему собранные Дандзо данные о членах АНБУ, а Ямато и Сакура были вынуждены тратить время на то, чтобы подавить пробудившегося из-за злости Наруто Лиса, в результате чего у юноши даже появилось 4 хвоста. Уже втроём они преследовали своих противников: им удалось выяснить, что настоящая цель Сая — убийство Саскэ, однако в результате попытки этого сделать не удалось: Оротимару, Кабуто и сам Саскэ скрылись, утверждая, что оставляют соперников в живых «чтобы те уничтожили побольше членов Акацуки». После этого Сай объявил другим членам команды, что ни смотря ни на что, он понимал их чувства и желание вернуть друга в Коноху, и в итоге он остался в команде. 

Выздоровевший Какаси совместно с Ямато помог Наруто усовершенствовать технику Расэнгана, включив в неё использование стихии ветра. С помощью техники Расэнган-сюрикэна в битве с Какудзу он смог уничтожить сразу два сердца противника, внеся огромный вклад в победу сражавшихся. После этого до Конохи докатилась шокирующая новость — Саскэ убил Оротимару, и Цунадэ поручила сформировать большую команду, целью которой было обнаружение следов Утихи на территории страны. Благодаря Кибе и Акамару, учуявшим запах Саскэ, им удалось напасть на его след. Однако Тоби преградил им путь на время, достаточное, чтобы закончился бой между Саскэ и Итати. После этого Тоби перенёс Саскэ в логово Акацуки, тем самым оставив цель разведывательной команды невыполненной. 

После известия о гибели Дзирайи Наруто вместе с жабой Фукасаку отправился на гору Мёбоку для изучения сэндзюцу и овладения Режимом Отшельника. Вскоре после этого на Коноху нападали Пэйн и Конан. Узнавший об этом только с помощью Симы, Наруто отправился обратно и вступил в бой. Во время сражения с последним, шестым, телом Пэйна, когда у Наруто проявилось уже 8 хвостов, в подсознании юноши возник образ Четвёртого Хокагэ,[4] который не только раскрыл правду о том, кто же его родители, и позволил сыну вернуть контроль над собой, но и сообщил, что за нападением Лиса на Коноху 15 лет назад стоял лидер Акацуки. После этого Наруто уничтожает шестое тело Пэйна и находит Нагато. Понявший свои ошибки и вспомнивший, благодаря Наруто, о своей мечте о мире, Нагато воскрешает всех погибших при его нападении на Коноху ценой собственной жизни. Конан решает покинуть Акацуки. Наруто становится героем деревни. 

В связи с созывом Совета Пяти Кагэ Наруто вместе с Какаси и Ямато решает встретиться с Четвёртым Райкагэ, дабы убедить его не объявлять Саскэ международным преступником. Но Райкагэ, на брата которого Саскэ и напал, отказал ему. В один из вечеров к Наруто на несколько минут перемещается Тоби и рассказывает правду об Итати. Присутствовавшие при этом Какаси и Ямато решают полученную информацию пока что держать в секрете. После нападения Саскэ на Совет пяти Кагэ и убийства им Дандзо Наруто с помощью сэндзюцу находит Утиху и даже выражает желание вступить с ним в бой, но того в логово Акацуки вновь переносит Тоби. 

После того как пострадавшая в результате нападений Пейна и впавшая в кому Цунадэ приходит в сознание, обновлённый Совет пяти Кагэ решает укрыть Киллера Би и Наруто, двух оставшихся дзинтюрики, на тщательно охраняемом острове-черепахе. Наруто проходит тренировки под контролем Киллера Би, во время одной из которых в его подсознании возникает образ Кусины Удзумаки,[5] которая рассказывает подробности нападения Лиса на Коноху.[6] После этого Наруто удаётся почти полностью овладеть контролем чакры Лиса — у него появляются новые возможности, в том числе возможность улавливать чужие эмоции. С её помощью он обнаруживает спрятавшегося в Самэхаде Киллера Би Кисамэ: ниндзя удаётся его схватить, но тот кончает жизнь самоубийством, предварительно успев отправить данные об острове в Акацуки. Со временем Наруто понимает, что окружающие что-то от него скрывают (Ямато вообще пропал — его несколькими днями ранее схватил Кабуто) и вместе с Киллер Би покидает остров, прорывая созданное для их же защиты оцепление