Дандзо основал и возглавил отдел обучения подразделения АНБУ, известного как Корень . Именно он порекомендовал Сая как третьего члена в Команду Какаси. Также Дандзо — один из четверых человек (наряду со старейшинами Конохи Хомура Митокадо и Кохару Утатанэ, а также Третьим Хокагэ), изначально знавших правду об Итати Утихе. 

Несмотря на видимую поддержку Хокагэ Селения Листвы со стороны Дандзо, Цунадэ не доверяла ему; причина этому — поручение Саю секретной миссии, для которой Дандзо отправляет парня к Оротимару с личными делами всех членов АНБУ. 

Во время атаки Пэйна на Коноху он убивает жабу, которую Цунадэ послала за Наруто на гору Мёбоку, тем самым лишив Коноху возможности получить своевременную помощь от Удзумаки. После того, как Пэйн был ликвидирован, он высказался против кандидатуры Какаси Хатакэ на пост Шестого Хокагэ. Выступив с резкой критикой политики Сарутоби, завоевал лояльность Лорда Страны Огня (возможно он управлял им с помощью своего сярингана), и сам стал исполнять обязанности Хокагэ (для официального вступления в должность он должен был пройти и через совет дзёнинов). После этого дал разрешение устранить Саскэ Утиху как беглого синоби, а также поручил разыскать Анко Митараси и Кабуто, так как считал, что они могут знать то, что может его скомпрометировать. 

Отправляется на Совет пяти Кагэ в качестве Шестого Хокагэ, где его почти выбирают председателем альянса пяти деревень ниндзя, цель которого борьба с Акацуки. Однако один из членов делегаций узнаёт в чакре Дандзо чакру Сисуй Утихи и понимает, что Дандзо незаконным путём заполучил его сяринган. Воспользовавшись атакой Саскэ на совет он сбегает и лишается доверия остальных Кагэ. Кадзэкагэ Гаара считает, и трое других Кагэ с ним соглашаются, что Дандзо дискредитировал себя и они готовы вести дела с Какаси Хатакэ в качестве Шестого Хокагэ. Мадара, стоявший за атакой на Совет Кагэ, использует свой сяринган и сталкивает Саскэ и Дандзо лицом к лицу. В результате начавшегося боя выясняется, что рука Дандзо закована в железо, и запечатана, а под ней находится сразу несколько имплантированных сяринганов. В ходе битвы он использует древесные техники Первого Хокагэ, что по мнению Мадары является результатом работы Оротимару над Дандзо. Кроме того пытается применить Идзанаги , запрещённую технику клана Утиха, которая превращает все реальные повреждения, даже смерть, использующего её в иллюзию. По словам Тоби, это самое сильное гэндзюцу, которое ниндзя может использовать на себе. В итоге, не сумев до конца активировать Идзанаги, Дандзо погибает после того, как Саскэ пронзает его при помощи Тидори.